El Museo Ex Convento de Tepoztlán fue construido por los indígenas tepoztecos bajo las órdenes de los frailes dominicos entre 1555 a 1580, dedicado a la Virgen de la Natividad.
En 1993, el INAH crea un proyecto de restauración y en 1994 fue declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO. Finalmente, se debe mencionar que actualmente este recinto es la parroquia de la Natividad y el Museo y Centro de Documentación Histórica de Tepoztlán.
Parte de la colección fue donada por los habitantes del pueblo de Tepoztlán los cuales a través de sus comentarios y participación en el proceso de conformación del museo contribuyeron a definir los temas que en él se presentan.